Para modificar la direccion en la que php busca el archivo php.ini y de esta forma poder cambiar las configuraciones del servidor debes incluir el siguiente codigo en el .htaccess
<IfModule mod_suphp.c>
suPHP_ConfigPath /home/usuario/www/folder
<Files php.ini>
order allow,deny
deny from all
</Files>
</IfModule>
Es muy importente tomar en cuenta que debes colocar la direccion donde se encuentra el archivo, sin el nombre del archivo, en el ejemplo se considero que el archivo php.ini que se queria usar era /home/usuario/www/folder/php.ini
